27-årige Thys låg i andraklungan fram till 30 km. Han passerade sedan den ledande japanen Kenichi Takahashi efter 33 km och såg ett tag ut att kunna hota da Costas världsrekord.
Vid 40 km var Thys bara elva sekunder från da Costas passertid i Berlin.
- Jag är mycket belåten med att ha nått en så bra tid, kommenterade Thys, som redan är nominerad till Sydafrikas lag till sommarens friidrotts-VM.
- Jag var orolig när Takahashi ett tag hade två minuters ledning. Vid omkring 25 kilometer sa jag till en av mina landsmän att vi måste försöka öka tempot eftersom vi höll på att tappa så mycket till tätlöparen.
- När vi började ta in försprånget ville tag vara försiktig. Det är en stigning i slutet av banan, och jag ville ha krafter kvar till den passagen.
Takahashi gick loss redan efter 7 km, men kroknade sedan rejält på slutet.
Tokyo Marathon avgörs på en vändpunktsbana i centrala Tokyo. Banan har start och mål i Tokyos Olympiastadion.

Resultat:
1) Gert Thys, Sydafrika, 2.06,33.
2) Miki Hiroshi, Japan, 2.08,55.
3) Koji Shimizu, Japan, 2.09,00.
4) Luis dos Santos, Brasilien, 2.11,13.